歴史上、日本の首都は、天皇の住まいである皇居の所在によって定められた。古墳時代以降は、皇居のための宮殿（御所）建設と周辺の市街地整備を一体として行い、首都にふさわしい都市を計画的に建設するようになった。
宮殿や貴族の邸宅であっても、奈良時代までは基本的に掘立柱建築だったため、建物の耐用年数が短かった。同じ掘立柱建築である伊勢神宮の遷宮は20年に1回である。
古代の頻繁な遷都や宮殿の移転・新築は、政治的な思惑の他にも建築物の耐用年数の影響が考えられる。中国風の都市計画を持ち込んだ藤原京・平城京・平安京などでは、計画的な庶民の居住を促しても、家が掘立柱建築だったために、地下水位の高い低湿地や河川の氾濫原は居住に適さないとして放棄され、いずれも当初の計画とは異なる都市へと変化した。
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飛鳥宮（飛鳥時代）以前に、首都に相当する都城は存在しない。 奈良時代に編まれた記紀によれば、歴代大王の宮室が磯城 ・磐余（奈良県桜井市）のほか、難波 ・河内地方（大阪府）などに複数営まれたため、各々の宮室を中心に萌芽的な都邑が形成されていたことも考えられる。しかし、その具体的な遺構は未発見である。
なお、飛鳥 - 奈良時代には、首都機能を経済 ・交通の面で補完する第二首都とも言うべき副都（陪都）が設けられていた時期があった（複都制）。例としては、最初にこの制度を採用した天武天皇の難波宮を始め、淳仁天皇の「北京」保良宮（滋賀県大津市、761年 - 764年）、称徳天皇の「西京」由義宮（大阪府八尾市、769年 - 770年）が知られている。保良宮と由義宮は短命に終わったが、難波宮は長岡京遷都まで副都の地位を保ち続けた。